tidjanicisse — Bioinformaticien (NGS, IA, DataViz)

Tidjani CISSE

Je suis un bioinformaticien

A propos de moi

Étudiant en Master 2 de Bioinformatique, spécialisé dans l’analyse de données omiques, la conception et l’implémentation de workflows automatisé et reproductibles ainsi que le développement d’applications web/mobile pour la biologie. Motivé par la recherche appliquée, je souhaite contribuer à des projets scientifiques innovants à l’interface entre la biologie et la data science, tout en continuant à monter en compétence dans des environnements collaboratifs et structurés.

Bioinformaticien • Multi-omics & RNA-seq Specialist

Futur Ingénieur en Bioinformatique | Data Scientist. Focalisé sur des pipelines reproductibles (Nextflow/Snakemake) analyses NGS (bulk RNA-Seq, scRNA-Seq, Spatial transcriptomic) et data visualisation (R/Python) pour des décisions basées sur les données.

Diplôme: Master Bioinformatique, Data Science
Téléphone : +33 7 69 68 48 61
Villes : Saint-Étienne, Lyon

Établissement : Université Claude Bernard Lyon 1
Email : tidjanicisse48@gmail.com
Langues : Français (nat.), Anglais (B2)

Je crois en la bioinformatique comme passerelle entre science, technologie et impact sociétal. Mon parcours s’inscrit dans une vision à long terme : participer à l’avancement de la recherche biomédicale et écologique, et fonder une plateforme africaine de bioinformatique capable d’apporter des solutions concrètes aux défis sanitaires et environnementaux.

Heures de cours
Formation Master Bioinformatique

Stages réalisés
Académiques & Recherche

Projets menés
Analyse, Dev & Pipelines

Articles publiés
en cours de préparation

Compétences

Compétences développées tout au long de ma formation en bioinformatique, lors de mes projets académiques et de mes stages professionnels. Voici quelques-unes de mes expertises techniques et outils que je maîtrise :

Programmation & Scripts 95%

Python
R
C#
Bash
SQL
JavaScript

Bioinformatique 90%

Snakemake
Conda
Biopython
Génomique
Transcriptomique

Frameworks & Tools 85%

.NET / C#
Streamlit
Flask
Django
JavaScript
Git / GitHub

Data Science 80%

Machine Learning (Scikit-learn)
Data Viz (Matplotlib, Seaborn, Plotly)
Pandas
Numpy

CV

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Profil

Tidjani Cissé

Bioinformaticien junior — Spécialiste Multi-omics & RNA-seq

Saint-Étienne & Lyon, France
+33 7 69 68 48 61
tidjanicisse48@gmail.com
linkedin

Formations

Master Bioinformatique

2023 – 2026

Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL1) — France

Programme interdisciplinaire : biologie, informatique et data science appliqués à la génomique et à la santé.
Compétences : Python, R, SQL, apprentissage automatique, modélisation statistique, Big Data, pipelines bioinfo (Snakemake, Conda).
Spécialisation : génomique, transcriptomique, protéomique, visualisation et intégration multi-omics.

Licence Bioinformatique

2022 – 2023

Université Côte d’Azur (Nice) — France

Formation combinant biologie, mathématiques et informatique, centrée sur l’analyse et la modélisation des systèmes biologiques.

Licence Biologie des Organismes, Populations & Environnement

2019 – 2022

Université d’Orléans — France

Acquisition des bases fondamentales en biologie, écologie et évolution, préparant à la spécialisation bioinformatique.

Expériences Professionnelles

Le régime alimentaire influence-t-il le répertoire de gènes de dégradation de la lignocellulose ?

En cours — 2025

LEHNA — Lyon, France

Objectif : Étudier l’impact du changement de régime alimentaire sur la dynamique du répertoire de gènes de dégradation de la lignocellulose chez les isopodes terrestre et souterains.
Réalisations en cours : Planifier et réaliser le traitement des données de séquençage (base calling, assemblage), Concevoir et implémenter des pipelines automatisés d’assemblage et d’annotation génomique via Snakemake, Piloter des analyses comparatives de génomes sur dix paires d’espèces, Contribuer à la caractérisation fonctionnelle des gènes CAZymes, Collaborer à l’interprétation biologique des résultats avec les chercheurs du laboratoire.
Encadrants : Clementine François, Tristan Lefebure, Annabelle Haudry & Anamaria Nesculea (Enseignants chercheurs à université Claude Bernard Lyon 1).

Les rétrovirus endogènes sont-ils toujours actifs chez les petits ruminants?

Janv – Juil 2025

INRAE (IVPC) & LBBE — Lyon, France

Objectif : Mettre en évidence l’expression des familles ERVII-5 et ERVII-3 dans différents tissus cibles.
Réalisations : Réaliser l’exploration et la sélection de métadonnées issues de NCBI-SRA, Concevoir et implémenter une application web (Flask) pour la visualisation interactive des données, Piloter des analyses transcriptomiques avancées sur cluster HPC (SLURM), Automatiser les pipelines d’analyse et gérer les ressources de calcul, Présenter les résultats aux équipes.
Encadrants : Jocelyn Turpin & Emmanuelle Lerat (Enseignants chercheurs à université Claude Bernard Lyon 1).

Analyse des éléments transposables (TE) chez Drosophila et le virus IIV6

Avr – Juil 2024

LBBE — Lyon, France

Objectifs : Étudier l’expression des TE chez Dmel et le virus IIV6, et évaluer la surexpression potentielle induite par l’infection virale
Réalisations : Réaliser le traitement et l’analyse de données génomiques et transcriptomiques, Contribuer à l’étude bioinformatique des insertions d’éléments transposables dans le génome viral, Visualiser et annoter les données à l’aide d’IGV, Collaborer à l’interprétation des résultats avec les biologistes du projet.
Encadrants : Vincent Lacroix (Enseignant chercheur à université Claude Bernard Lyon 1).